მესამე ზემოქმედებიდან თოთხმეტი წლის შემდეგ, შინჯი იკარი იღვიძებს სამყაროში, რომელიც არ ახსოვს. ის არ დაბერებულა. დედამიწის დიდი ნაწილი ნანგრევებშია მოქცეული, NERV დაიშალა და ადამიანები, რომლებსაც ის ოდესღაც იცავდა, მის წინააღმდეგ აღმოჩნდნენ. იდუმალ კავორუ ნაგისასთან მეგობრობით შინჯი აგრძელებს ბრძოლას ანგელოზებთან და აცნობიერებს, რომ ბრძოლის დასრულებამდე ჯერ კიდევ დიდი დროა. პერსონაჟების ბრძოლა გრძელდება ანგელოზებისა და ერთმანეთის წინააღმდეგ ბრძოლების ფონზე, რამაც შეიძლება სამყაროს დასასრული გამოიწვიოს.
